Il Museo archeologico di Santorini espone notevoli reperti provenienti da collezioni private, come pure dagli scavi sulle Mesa Vouno, Sellada e Akrotir, i siti che risalgono a tutti i periodi dal III millennio A.C. fino agli anni romani. Tra quelli che si distinguono ci sono statuette di marmo del III millennio, kouri (statue dall’influenza egizia) in marmo, statue ellenistiche e romane, vasi dagli scavi sul sito dell'antica Thira, una grande anfora arcaica e una meravigliosa statuetta rappresentante una figura femminile ricca di dettagli.